12月13日晨，日军首批由中华门入城后，到处奸淫掠烧杀。此时妇女儿童蜂拥而来金女院的难民收容所。有青年妇女装扮成老妇的，有女扮男装的，还有老妇、儿童和男人，一个个惊恐万分。

魏特琳守着大门劝说，为了多保护一些年轻女子和儿童，请男士和老妇回家。难民们哭着求着，只要能在草坪上有一个立足之地。保护上万妇孺的人生安全，在当时特殊的环境里，谈何容易！

魏特琳面对的是一群比野兽更为凶残的日本侵略兵，他们不可理喻。美国教会学校的牌子，国际安全区的布告，对他们没有任何约束力。在日军进城的头10天里，每天至少有10到20群日本兵到金女院抓人，强奸妇女、抢劫钱财。

他们不仅从学校的大门、侧门强行入内，还有翻越围墙进校园，更有夜间从学校低矮的篱笆上爬过来，在无灯光的大楼里，楼上楼下乱摸一气，摸着哪一个就对她强奸。

魏特琳一面组织校内教职员工巡逻校园，一面请来在“国际安全区”服务的外籍男士轮流守夜。她自己更是日夜操劳，不是守在门房，就是被叫去阻止进校来奸掠的日兵，从他们手里夺回中国妇女。

她整天无法吃上一餐安顿的饭，无法睡上一个安顿的觉。不少日兵因此恼怒，拿着血迹斑斑的刺刀威胁她；还有的野蛮地打她耳光。华女士都忍受了，她自觉地承担了保护万余名中国妇女儿童的重任，她说，金陵女院就是我的家，我绝不离开。

可是就是这样的一个救助了那么多中国人的友人却在1940年的时候被某些媒体无端诬陷.

1940年4月初的一天（即汪精卫伪政府在南京成立后不久），《紫金山晚报》上刊登了一篇名为“真正的罪犯”的文章，将矛头对准在南京大屠杀期间帮助中国难民度过困难难的西方人。

自称“真相卫士”的作者表示：“让我们看看那个所谓的慈悲女菩萨吧！明妮·魏特林其实是一个人贩子，一个出卖中国人的叛徒。我们必须揭露她，必须把献给日军的那些妇女和姑娘们的帐算在她头上。”（事实上，日军几乎把所谓“金女大”当成一个妓院对待，1937年的平安夜，日军的某一高级军事顾问表明：“我们从1万难民中挑选100名妓女。”并且，魏特琳要求对方必须“许诺不会抓走良家妇女，并且要让姑娘们自愿。

或许很多人确实接受不了这样的选择，但是这在那种时候确实是最无奈的一个选择.

在猖狂的曰本人的枪炮之下，能保住一些人已经是魏特林能做到的最大限度的努力了.

而因此她也遭受着无边的自我良心的谴责和折磨，就在被媒体污蔑栽赃之后几天魏特琳递交了辞职报告。她患上了严重的精神抑郁症。